มาร์กาเร็ตแห่งยอร์กเกิดเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม ค.ศ. 1446 ที่ปราสาทฟอเธอริงกายในนอร์แทมป์ตันเชอร์ บิดาของเธอคือริชาร์ด แพลนทาเจเนต ดยุคที่ 3 แห่งยอร์กกับเซซิลี เนวิลล์ พี่น้องของเธอ ได้แก่ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 แห่งอังกฤษ, จอร์จ ดยุคแห่งแคลเรนสซ์, พระเจ้าริชาร์ดที่ 3 แห่งอังกฤษ, เอ็ดมันด์ เอิร์ลแห่งรัตลันด์, เอ็ดเวิร์ด เจ้าชายแห่งเวลส์ และเอลิซาเบธ เด ลา โปล ภรรยาของจอห์น เด ลา โปล ดยุคแห่งซัฟฟอล์ก

มาร์กาเร็ตเป็นตัวหมากที่เป็นประโยชน์สำหรับครอบครัว เมื่อเธอมีอายุได้ 8 ปี ครอบครัวได้เจรจาตกลงเรื่องการสมรสระหว่างเธอหรือไม่ก็พี่น้องหญิงคนใดคนหนึ่งของเธอกับชาร์ลผู้อาจหาญ เคานต์แห่งชาโรแล แต่การเจรจาดังกล่าวล้มเหลว ต่อมาชาร์ลในปี ค.ศ. 1454 ได้สมรสกับอิซาเบลแห่งบูร์บง ทั้งคู่มีบุตรด้วยกันหนึ่งคนเป็นบุตรสาวชื่อมารี ทว่าในปี ค.ศ. 1465 อิซาเบลได้เสียชีวิต ในขณะที่ชาร์ลยังคงต้องการบุตรชาย